En Grèce, Scooby, Scrappy, Shaggy et Daphne ainsi qu’un agent secret (qui joue le rôle d’un propriétaire de café) sont à la recherche d’un professeur disparu et empêchent Thaddeus Blimp et son homme de main Wilmer de transformer ses ennemis et les dirigeants mondiaux en pierre en utilisant le masque de Méduse. Bien que les deux côtés doivent faire face à un cyclope.