Sakasama no Patema: Beginning of the Day is oorspronkelijk een proloog van de film Sakasama no Patema, maar behandelt de eerste twintig minuten van de film in een identieke versie. Ze leven in ondergrondse tunnelsystemen en dragen beschermende pakken. Naar hun mening is het een gelukkig en normaal leven, omdat ze niets anders kennen dan de donkere en eindeloze tunnels. Patema, de prinses van de ondergrondse gemeenschap, is altijd al gefascineerd geweest door het 'onbekende'. Of het nu gevaarlijk is of niet, Patema wordt altijd op magische wijze aangetrokken door nieuwe, onbekende plaatsen. Als ze hoort over de verboden 'Gevarenzone', kan ze haar nieuwsgierigheid niet bedwingen. Maar in haar nadeel beseft ze al snel wat het 'gevaar' betekent...